Torniosta tuli 1600-luvun puolivälin jälkeen aiempaa kaupunkimaisempi. Väkiluku kasvoi ja kauppaa käytiin yhä vilkkaammin niin Lapin kuin Tukholmankin suuntaan.
Kaupungin kehittyessä myös sen hallinto piti järjestää vakiintuneemmalle pohjalle.
Kaupungin ylin johto koostui pormestarista ja raatimiehistä, jotka yhdessä muodostivat toisaalta oikeudellisia asioita käsitelleen raastuvanoikeuden, toisaalta hallintoasioista huolehtineen maistraatin.
Pormestarin nimitti hallitsija, raatimiesten valintaan kaupunkilaiset pääsivät itsekin vaikuttamaan. Muuta virkakuntaa kaupungissa ei paljon ollutkaan: heitä olivat kaupunginkirjuri sekä kaksi kaupunginpalvelijaa, joista toinen toimi myös piiskurina.
Raastuvanoikeus ja maistraatti kokoontuivat raatihuoneessa. Se oli kirkon ohella kaupungin huomattavin rakennus, ja se sijaitsi kaupungin perustamisesta lähtien 1870-luvulle saakka kaupungin torilla nykyisen Porthaninkadun kohdalla. Tulipalojen vuoksi raatihuone jouduttiin 1600-luvulla rakentamaan peräti neljä kertaa, mikä oli suuri rasitus kaupunkilaisille.