Vesivoima on 2000-luvulla muuttunut säätövoimaksi perusvoimatuotannon sijaan. Sen osuus on enää alle 20 prosenttia Suomen sähköntuotannosta.
Kemi-, Ii- ja Oulujoen suurten vesivoimalaitosten luvat ja juoksutussäännöt eivät sisällä määräyksiä säätövoimatuotannon vaatimasta virtaamien lyhytaikaissäädöstä. Vuorokauden sisällä virtaamat vaihtelevat jopa 10-kertaisesti eli kyse on katkokäytöstä ja pulssivirtaamien synnyttämisestä.
Haittoja aiheuttavaa lyhytaikaissäätöä ei saisi harjoittaa ilman vesilain mukaista lupaa, jossa määrätään säädön toteutustavasta ja haittojen hallinnasta. Tästä on selkeä linjaus korkeimman hallinto-oikeuden Siikajoen Uljuan altaan juoksutusta koskevassa vuosikirjaratkaisussa (2005).
Vesilain valvojina toimivat ely-keskukset eivät ole ryhtyneet toimenpiteisiin, jotta luvanvastaiset lyhytaikaisjuoksutukset lopetettaisiin tai voimayhtiöt velvoitettaisiin hakemaan vesilupiinsa muutokset. Etenkin suuret Fortum Oy ja Kemijoki Oy ovat ottaneet tulkinnoillaan selkävoiton valvontaviranomaisista.
Lyhytaikaissäätö liittyy kiinteästi mahdollisuuksiin palauttaa vaelluskalojen nousu rakennettuihin jokiin. Jos jokien virtaamia säädellään nopearytmisesti katkokäytöllä, ei kalojen nousu onnistu. Kalateiden sisällyttäminen Kemi- ja Iijoen voimalaitosten kalavelvoitteisiin määrättiin Pohjois-Suomen aluehallintoviraston (avi) päätöksissä heinäkuussa, mutta PVO-Vesivoima Oy ja Kemijoki Oy ovat valituksissaan vaatineet velvoitepäätösten kumoamista.
Voimayhtiöissä tiedetään, että lyhytaikaissäätöä pitää väistämättä lieventää, mikäli halutaan vaelluskalojen nousun onnistuvan. Siksi ne unohtavat lupauksensa ympäristövastuusta ja vastustavat velvoitemuutoksia. Ennen kuulumattoman häikäilemätöntä ja jokirakentamisen historian vääryyksien kieltämistä on yhtiöiden esittämä väite siitä, etteivät avin päätökset vastaisi Euroopan neuvoston ihmisoikeussopimuksen vaatimusta oikeudenmukaisesta oikeudenkäynnistä.
Perusongelma vesivoimarakentamisen aiheuttamien vaikutusten kärjistymisessä on, ettei vesilaki mahdollista puuttumista voimaloiden toistaiseksi voimassa oleviin lupiin. EU:n vesipuitedirektiivissä asetettuja tavoitteita vesistöjen ja vaelluskalakantojen tilan parantamiseksi ei ole siksi voitu täysin toteuttaa.
Koska Suomi ei ole noudattanut vesipuitedirektiiviä, Euroopan komissio on päättänyt aloittaa rikkomusmenettelyn. Se on lähettänyt tästä virallisen ilmoituksen. Suomella on kaksi kuukautta aikaa vastata ja korjata komission esiin tuomat puutteet.