Vilppi yliopiston loppututkielmassa eli pro gradu -työssä on johtanut maisterin tutkinnon perumiseen. Korkein hallinto-oikeus päätti purkaa Itä-Suomen yliopiston päätöksen tutkintotodistuksen antamisesta.
Pro gradu -työ oli jo kertaalleen tarkastettu. Uudelleentarkastuksessa siitä kuitenkin löydettiin tutkimusvilppiä, plagiointia ja sepittämistä.
Tutkielma sai vuonna 2011 kiitettävän arvosanan Itä-Suomen yliopiston luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunnassa. Sen tekijä aloitti työt yliopistolla ja jatkoi opintojaan tavoitteenaan tohtorin tutkinto.
Vuonna 2012 tutkielman tekijä lähetti kolmen muun kirjoittajan kanssa artikkelin ulkomaiseen tieteelliseen aikakauslehteen. Lehteä julkaiseva Optical Society of America (Amerikan optiikan seura) antoi varoituksen plagioinnista ja jätti artikkelin julkaisematta.
Tämän jälkeen pro gradu -työtä ryhdyttiin tarkastelemaan uudelleen. Maaliskuussa 2013 valmistuneen lausunnon mukaan samankaltaisuudet pro gradu -työn ja erään aikaisemmin julkaistun artikkelin välillä ovat liian suuria, jotta kyseessä voisi olla yhteensattuma.
Dekaani hylkäsi pro gradu -työn toukokuussa 2013. Lisäksi sen tekijän työsopimus yliopistolla purettiin.
Tutkielman tekijä valitti Itä-Suomen hallinto-oikeuteen, joka kumosi dekaanin päätöksen. Hallinto-oikeuden mukaan virheet ja plagiointi olisi pitänyt havaita jo aiemmassa tarkastuksessa.
Yliopisto valitti korkeimpaan hallinto-oikeuteen, joka purki päätöksen tutkintotodistuksen antamisesta.