Suomen Palloliiton liittohallitus hyväksyi kokouksessaan liiton kansallista jalkapallon kilpailutoimintaa kaudella 2016 koskevan esityksen sarjojen pelitavasta ja lohkojaoista. Merkittävin muutos koskee Miesten Kakkosta, joka liittohallituksen aiemman päätöksen mukaan pelataan kaudella 2016 kolmessa 12 joukkueen lohkossa.
Lohkoissa pelataan kaksinkertainen sarja kolmessa 12 joukkueen lohkossa. Lohkojen voittajat ja paras 2. sijoittunut joukkue pelaavat pareittain kaksiosaiset nousukarsintafinaalit, joiden yhteistuloksilla voittajat nousevat Ykköseen kaudelle 2017. Kaksi joukkuetta nousee Ykköseen. Arvonnassa samassa lohkossa pelanneet (lohkonsa 1. ja lohkojen paras 2. sijoittunut) joukkueet arvotaan eri arvontakoreihin.
Karsinnan joukkueparit arvotaan. Arvonta suoritetaan Respect Suomen Cupin finaalin yhteydessä 13.8. Karsintapelien järjestys (koti- ja vieraspeli) arvotaan myös. Ottelut pelataan UEFA: n vierasmaalisäännön mukaisesti.
Jokaisen Kakkosen lohkon sijalle 10. ja huonommin sijoittuneet joukkueet putoavat suoraan Kolmoseen kaudeksi 2017. Kaikkiaan 9 joukkuetta putoaa.
Lohko A (12): FC Futura, Porvoo (FC Futura), FC Kuusysi, Lahti (FC Lahti Akatemia), FC Vaajakoski (FCV), IF Gnistan, Helsinki (Gnistan), Järvenpään Palloseura (JäPS), Kultsu FC, Lappeenranta (Kultsu FC), Käpylän Pallo, Helsinki (KäPa), Malmin Palloseura, Helsinki (MPS), Mikkelin Palloilijat (MP), PEPO Lappeenranta (PEPO), Soccer Club Kuopio Futis -98 (SC KuFu-98), Sudet, Kouvola (Sudet).
Lohko B (12): Atlantis FC Edustus, Helsinki (Atlantis FC), Bollklubben -46, Karis (BK-46), Ekenäs Sport Club (ESC), Etelä-Espoon Pallo (EsPa), FC Espoo (FC Espoo), FC Honka, Espoo (FC Honka), FC Kiffen 08, Helsinki (FC Kiffen), FC Viikingit Edustus, Helsinki (FC Viikingit), Football Club Åland (FC Åland), Helsingin Jalkapalloklubi (Klubi 04), Salon Palloilijat (SalPa), Tampereen Pallo-Veikot (TPV).
Lohko C (12): AC Kajaani (AC Kajaani), FC Jazz 2, Pori (FC Jazz 2) *, FC Santa Claus Arctic Circle, Rovaniemi (FC Santa Claus AC), Gamlakarleby Bollklubb, Kokkola (GBK), Idrottsföreningen Kraft, Närpiö (Närpes Kraft), Jalkapalloseura F.C. YPA, Ylivieska (FC YPA), Jalkapalloseura Hercules, Oulu (Hercules), Lapuan Virkiä (Virkiä), Musan Salama, Pori (MuSa), Oulun jalkapallon tuki (OPS), Tornion Pallo-47 (TP-47), Idrottsföreningen Kamraterna Vasa (VIFK). * sarjapaikan siirto vireillä