Natura 2000 -luonnonsuojelualueiden verkosto ei ole säilynyt aivan koskemattomana, sillä Euroopan unionin komissio on hyväksynyt toistakymmentä rakennushanketta eli poikkeamista Natura-alueille.
Perusteena on ollut tärkeä yleinen etu, ja menetettyjä suojelualueita on korvattu eri tavoin.
Lapissa yritetään nyt vastaavaa, kun Rovaniemen ja Itä-Lapin maakuntakaavaan esitetään energia- ja tulvasuojeluallasta Kemihaaran soiden Natura-alueelle.