Kirpputoreilla esiintyy myymälävarkauksia kuten muissakin kaupoissa. Rovaniemen Vintikissä, Tuhat-Torilla ja Varastotien Kirppiksellä pitkäkyntisten torjuntaa on pyritty tehostamaan.
Rovaniemen kirpputorihenkilökunnan mukaan varkauksia tapahtuu, muttei niin suuressa mittakaavassa kuin moni myyjistä luulee. Vintikin omistaja Seppo Salon mukaan suurella kirpputorilla esineet saattavat joutua asiakkaiden mukana vääriin pöytiin ja niistä voi kadota hintalappu.