EU:n luontodirektiivin ja Suomen luonnonsuojelulain mukaan Natura-ohjelmaa voidaan muuttaa erittäin merkittävän yhteiskunnallisen syyn takia.
Myös Natura-ohjelmaan hyväksytyt alueet voivat muuttua luonnossa tapahtuvien muutosten tai ihmisen toiminnan johdosta, ja silloin direktiivi velvoittaa alueiden vaihtamiseen.
Natura-ohjelma ei ole "Koraani", kuten eräät kunnanjohtajat näyttävät luulevan (LK/PS 23.11.).
Tulvadirektiivi ja tulvariskien hallintalaki määräävät, että vesistön pahimmat tulvariskialueet kartoitetaan ja toimenpiteet mitoitetaan estämään pahimmilla alueilla toteutuneiden tulvien tasoiset tulvat, jos on mahdollista, että ne voivat toistua.