Tornion-Muonionjoen lohikanta on viime vuosien aikana kohentunut ja ylittää Tenojoen lohikannan sekä määrän että kalan koon osalta. Merkittävin tekijä kehityksessä on EU:n Itämeren pääaltaalle asettama ajoverkkokielto ja parantunut lohen vaellusalueen kalastuksensäätely lohen nousun ja riittävän poikastuotannon turvaamiseksi.

Kalastuksen ohella lohikantaa uhkaavat myös muut tekijät, viimeisimpänä viime kesänä havaitut ihovauriot kaloissa ja kalojen kuolemat.