Tornionjoen vesi on juotavan puhdas. Se valuu Suomen ja Ruotsin tuntureilta Perämereen. Muonio-Torniojoen vesistö on kalaisa. Arvokkaimmat kalat ovat harjus, merilohi, meritaimen ja siika sekä nahkiainen. Tornionjoen lohien perinnöllinen monimuotoisuus on Itämeren lohikannoista korkein. Vesistöä pitkin on uitettu tervatynnyreitä, puulauttoja ja tukkeja. Ihmisten kanssakäyminen yli rajajoen on luonut alueelle arvokkaan kulttuurimaiseman ja jopa oman kielen.