Julkisuudessa on arvosteltu Ruokaviraston toimintaa kalatautien selvittämisessä, erityisesti liittyen Tornionjoen lohien tilanteeseen (mm. Lapin Kansa 17.7.2019 ja Kaleva 18.7.2019).
Kalatautien tutkimusta tehdään kolmessa Ruokaviraston laboratoriossa, Helsingissä, Kuopiossa ja Oulussa. Kaikissa näissä on yksi kalatauteihin syvällisesti perehtynyt eläinlääkäri, ja hänelle näytteenottoon perehdytetyt sijaiset. Näytteitä voi siis aina toimittaa lähimpään laboratorioon.
Ruokavirastolla ei ole kenttähenkilökuntaa, joka tavanomaisissa tapauksissa noutaisi näytteitä tai jopa osallistuisi näytteiden hankintaan luonnonvaraisten kalojen ollessa kyseessä.