Tornionjoen lohikuolemien syyt eivät ole vielä aivan selkeät. Ylen uutisen mukaan Luke pitää kuluvan kesän lohikuolemia vakavana uhkana Tornion-Muonionjoen lohikannalle.
Passiivisuutta ja kuolemia aiheuttaviksi tekijöiksi on arveltu B-vitamiinin puutosta ja vesihometta.
Luonnonvarakeskuksen mukaan huonokuntoisia lohia on löydetty Tornionjoesta muutamia satoja. Myös Ruotsista ja Norjasta on kantautunut tietoja huonokuntoisista lohista.