Tornionjoen vesistöalue mukaan lukien Muonionjoki ja siihen laskeva Könkämäeno muodostavat Pohjois-Euroopan suurimman luonnontilaisen vesistön. Alue on valtaosaltaan Natura-suojelualuetta sekä Suomessa että Ruotsissa.
Se on paitsi asukkaiden arkipäivän elinpiiriä ennen kaikkea luonnontilaisen Itämeren lohen tärkein poikastuotantoalue. Luonnonvarakeskus pitää Tornionjoen lohitilannetta menestystarinana. 1980-luvulla joesta saatiin alle tuhat lohta, vuonna 2016 jo yli 20 000 saalislohta.